Het is bekend dat bij kinderen en jongeren met autisme veel verschillende psychiatrische symptomen kunnen voorkomen welke ook bekend zijn uit andere psychiatrische ziektebeelden. Soms zijn het symptomen behorend bij het ASS-beeld, soms is er sprake van een comorbide stoornis, zoals ADHD, gedragsstoornissen (ODD/CD), angst of depressie (bijvoorbeeld Leyfer e.a., 2006).

Psychiatrische comorbiditeit komt voor bij ongeveer 70% van de kinderen en jongeren met autisme (Simonoff e.a., 2008). Veel voorkomende comorbide diagnoses zijn: sociale angststoornis (29,2%, Simonoff e.a., 2008), ADHD (28,2%, Simonoff e.a., 2008), oppositioneel-opstandige gedragsstoornis (28,1%, Simonoff e.a., 2008) en slaapstoornissen (40-86%, Maski e.a., 2011). Daarnaast hebben jeugdigen met autisme een verhoogde kans op stemmingsstoornissen (10%) en tics (11%, Gjevik, 2011). Van degenen met ADHD had 84% nog een tweede comorbide stoornis. In de richtlijn autismespectrumstoornissen van de Nederlandse Vereniging voor Psychiatrie (2009) worden ADHD en angststoornissen als meest voorkomende comorbide psychopathologie genoemd. Ook zijn er aanwijzingen voor een samenhang tussen autisme en genderdysforie (Heylens e.a., 2018) en tussen autisme en eetproblemen (Baron-Cohen e.a., 2013; Tchanturia e.a., 2013). Binnen de populatie met anorexia voldoet 4-52.5% aan ASS-criteria (Westwood & Tchanturia, 2017). Indien er sprake is van autisme bestaat bovendien een twee keer zo grote kans om de diagnose dwangstoornis (OCD) te krijgen in vergelijking met een gezonde populatie (Meier e.a., 2015). Verder toont onderzoek een overlap aan met de borderline persoonlijkheidsstoornis (Dudas e.a., 2017).

Het hebben van autisme vergroot de kans op risicofactoren voor suïcidaliteit bij jongeren. Dit heeft onder andere te maken met de cognitieve inflexibiliteit, prikkelgevoeligheid, het zwart-wit denken en een late- of verkeerde diagnose krijgen. Gemiddeld 25,2% van de jongeren met autisme lijken suïcidegedachten te hebben en 8,3% heeft ooit een poging te hebben ondernomen. De Handreiking Samen Minder Suïcide biedt informatie over de risicofactoren, beschermende factoren en tips over het gesprek aangaan over suïcidaliteit bij jongeren met autisme (Samen Minder Suïcide, 2024).

De Gezondheidsraad (2009) geeft aan dat een verstandelijke beperking een belangrijk comorbide kenmerk is van autisme: 40 tot 60% van de mensen met autisme heeft ook een verstandelijke beperking (zie ook Charman e.a., 2011). Hierbij moet opgemerkt worden dat het bewustzijn van autisme(-kenmerken) bij mensen met een normale tot hoge intelligentie nog groeiende is, dus het is mogelijk dat autisme bij kinderen met een lager IQ eerder opgemerkt wordt. Het Amerikaanse Center for Disease and Control gaat uit van 44% zonder een verstandelijke beperking (Christensen e.a., 2016). In omgekeerde richting hebben 3% tot 50% van de kinderen en jongeren met een verstandelijke beperking autisme (De Bildt e.a., 2005). Ook Matson en Shoemaker (2009) geven aan dat autisme een van de meest voorkomende comorbide stoornissen is bij individuen met een verstandelijke beperking. Bhaumik en collega’s (2010) verrichtten een epidemiologisch onderzoek naar de percentages waarin autisme samen met een verstandelijke beperking voorkomt. Zij kwamen tot een range van 15% tot 70%, afhankelijk van de gehanteerde diagnostische criteria en het niveau van functioneren. Het is moeilijk om de autisme- en de LVB-problematiek te onderscheiden. Voor een groot deel lopen de symptomen van kinderen met autisme en met een LVB parallel aan elkaar. Net als kinderen met een LVB, kunnen kinderen met autisme leerproblemen krijgen als gevolg van hun moeite met het begrijpen van instructies. Daarnaast is het voor hen lastiger om kennis uit de ene situatie toe te passen in andere situaties. Veel kinderen met autisme hebben aandachtsproblemen of zijn hyperactief wat hun schoolse leren belemmert. Tot slot spelen ook, evenals bij kinderen met een LVB, faalangst en weinig zelfvertrouwen vaak een rol bij slechte prestaties. 

Ook kan er sprake zijn van somatische comorbiditeit (m.n. immunologische, gastro-enterologische en neurologische problematiek) (Muskens e.a., 2017). Er is een aantal syndromen die gepaard kunnen gaan met autisme-verschijnselen. Deze verschijnselen worden onder andere gezien bij het fragiele-X-syndroom (Kaufmann e.a., 2017; Richards e.a., 2015), het Klinefelter-syndroom (Tartaglia e.a., 2017), neurofibromatose type 1 (Eijk e.a., 2018; Nupan e.a., 2017) en het 22q11-deletiesyndroom (Richards e.a., 2015; Schneider e.a., 2014).

Tot slot is er een verhoogd risico op aanvallen van epilepsie bekend. Het komt voor bij ongeveer 20 à 30% van de mensen met autisme en vooral binnen de groep met een verstandelijke beperking (Bolton e.a., 2011; Maski e.a., 2011; Besag, 2017).