Behandeling met medicatie is gericht op verlichting van klachten en symptomen. Dit om leerbaarheid te vergroten en verdere ontwikkeling mogelijk te maken, en/ of het welzijn te verbeteren, als dit zonder medicatie niet voldoende mogelijk is. Het is daarbij goed te beseffen dat niet voor alle problemen medicatie een mogelijkheid is, en medicatie niet altijd effectief is. Gelukkig is medicatie vaak niet nodig. Bij hypersensitiviteit zijn er hulpmiddelen om hier mee om te kunnen gaan. Bij bijvoorbeeld repetitief gedrag is de eerste vraag voor inzet behandeling of dit gedrag belemmerend is voor de ontwikkeling en al dan niet behandeld moet worden.

Psychofarmaca worden overwogen bij kinderen en jongeren met autisme wanneer aanpassingen in de omgeving, psychosociale of andere interventies, gebaseerd op functionele gedragsanalyses, ineffectief blijken (Fuentes, Hervás, & Howlin, 2020). Het is van belang bij die afweging te beoordelen of voldoende duidelijk is waar gedrag vandaan komt, en welke niet-farmacologische interventies al gedaan zijn en eventueel nog mogelijk zijn. Bij sommige problemen is medicatie direct nodig, vooral als ze de leerbaarheid beïnvloeden en moeilijk met gedragsinterventies te bestrijden zijn. Ook als medicatie direct ingezet wordt, verdient de combinatie van gedragsmatige interventies en psychofarmaca nog steeds de voorkeur. De combinatie van medicatie met oudertraining is effectiever dan medicatie alleen, zoals werd aangetoond in een grote goed opgezette RCT van de RUPP-groep (n = 124),(Aman et al., 2009). In deze studie bleek oudertraining in combinatie met risperidon, en bij onwerkzaamheid aripiprazol, na 24 weken behandeling effectiever dan medicatie alleen voor het verminderen van disruptief (ontwrichtend) gedrag. Uit ander onderzoek blijkt dat de samenvoeging van gedragsmatige interventies en antipsychotica de meest effectieve aanpak is in het verminderen van agressief gedrag bij jongeren met ASS (Frazier et al., 2010). Bij beide studies bleek er lager gedoseerd te kunnen worden in de combinatiegroep (Frazier et al., 2010; Aman et al., 2009).

Alhoewel psychofarmaca geen van allen primair effect op de sociale en communicatieve kernsymptomen van ASS hebben, kunnen deze effect hebben op de andere vaak met autisme samengaande klachten, zoals onrust, concentratieproblemen, affectlabiliteit, boosheid, driftaanvallen, en automutilatie. Middels vermindering hiervan kan de ontvankelijkheid van het kind doorgaans vergroot worden voor niet-medicamenteuze interventies, als ondersteuning bij het aanleren van gewenst gedrag, en kan het welzijn van het kind en de omgeving zo verbeterd worden. Het is van belang om als er verandering bereikt is te beoordelen of de medicatie weer afgebouwd kan worden. Eveneens van belang is om als er geen verandering bereikt wordt met ondersteuning van medicatie deze te staken en niet zinloos voort te zetten.

Daarnaast kan medicatie voorgeschreven worden voor co-morbide stoornissen en symptomen als ADHD-symptomen of angst. Het is van belang te realiseren dat psychiatrische co-morbiditeit anders geuit kan worden dan bij kinderen en jongeren zonder autisme: Angst bijvoorbeeld kan leiden tot gedragsproblemen met agressie.
Ook kan er co-morbiditeit aanwezig lijken, terwijl dit niet het geval is: Aandachtdeficiëntie kan door ADHD komen, maar ook voortkomen uit de autisme spectrumstoornis zelf, omdat er bijvoorbeeld geen (gedeelde) interesse is in hetgeen de omgeving laat zien of aan probeert te leren, of door overprikkeling bij hypersensitiviteit.
Bij de functionele gedragsanalyse hoort dan ook een goede diagnostische analyse bij vragen m.b.t. co-morbiditeit.